In Italia, dove dal 2005 ha aperto a Milano lo studio Arata Isozaki & Andrea Maffei Associati, ha realizzato progetti di riqualificazione urbana destinati a ridisegnare gli scenari di alcuni quartieri, tra essi: l’area Pirelli di Milano (2001); il Palahockey olimpico di Torino (2002-06); la Fiera campionaria di Milano City Life (dal 2004). Ha inoltre vinto i concorsi per la realizzazione della nuova stazione centrale di Bologna (2008), la sede della Provincia di Bergamo (2009 ), della Biblioteca comunale di Maranello (2011). Isozaki ha progettato con Andrea Maffei inoltre la Torre Allianz (soprannominata il Dritto), il grattacielo di Citylife a Milano affiancato da lo Storto e il Curvo.